1、空气置换效果较差，在使用中央空调环境下，大多数均为封闭、半封闭空间，室内空气属循环利用，空气的清洁度依赖空调本身的过滤和定时输送活量新风来维持，相对室外空气来讲新鲜度较浑浊。
2、积尘诱使细菌滋生，中央空调是依附风道及出风口将处理后的空气送入房间，风道属密闭空间，而室外空气中各类悬浮颗粒物不能完全被空调过滤装置所阻隔，因此微细灰尘便进入风道黏附在风道内壁上，加之大多数风道狭小，日积月累便形成大量积尘。由于积尘易滋生各类有害微生物，如：细菌、内霉素、真菌、军团菌、冠状细菌等。直接或者间接性会对人体健康产生威胁。
3、寄生物和昆虫的摇篮，由于风道布置大多处于楼宇吊顶板内，加之风道内四季温湿度较为适宜，因此常常成为寄生动物和昆虫的活动空间（如：老鼠、蟑螂等）。据上海消息报道，上海某大厦清扫中央空调风道一共清扫出两吨垃圾，其中有大量的老鼠昆虫尸体。