重庆最大的姓氏是李姓。
根据全国第七次人口普查的数据结果显示，重庆市常住人口共3205.42万人，其中李姓人口209.43万人，以占总人口6.53%的实力高居重庆姓氏榜榜首，比排名第二的张姓多近17万多人。而全国第一大姓王，在重庆只能屈居第五，位列陈、刘之后。

从重庆市下属38个区县的视角看，重庆市各区县第一大姓除了李之外，还有张、陈、刘、王、冉、谭、杨等。其中，20个区县第一大姓是李，占据绝对优势;6个区第一大姓是张，位列第二，4个区第一大姓为陈，3个区县第一大姓是刘，2个县第一大姓是王，还有3个少数民族自治县第一大姓分别是冉、谭、王。
一个奇特的现象是，在酉阳、石柱、秀山三个少数民族自治县，第一大姓冉、谭、王的人口占比高的出奇。重庆38个区县，别的区县第一大姓人口占比最多也就是8%多点，而冉姓人口在酉阳占比为13.08%，谭姓人口在石柱占比为12.86%，杨姓人口在秀山占比更是高达16.03%。

究其原因，冉姓、杨姓都是当地土著姓氏，酉阳、秀山分别是历史上冉氏土司、杨氏土司统治的核心地区，所以这个姓在当地首位度非常高也就可以理解了。而石柱县是元末明初大量谭姓人随明玉珍“入川”，以及后来“湖广填川”谭氏的聚居地，延续至今成为首位度非常高的大姓。
由此可见，重庆现有姓氏结构是由土著和当初“湖广填四川”移民混合形成的，四川也是如此。而川渝地区的大姓结构和湖北也很像，因为如今川渝80%左右的人口都是清朝“湖广填四川”移民的后裔。

重庆土著的祖先是巴人，如今的重庆由巴人传下的土著姓氏共12个，分别是巴、向、覃、樊、郑、罗、龚、朴、咎、鄂、庹、夕。
以冉姓为例，有人说重庆冉姓是中原冉姓之后，但据《酉阳直隶州总志》载：“酉阳州前史称有三种夷，曰仡佬、曰冉家、曰南客”。可见，酉阳冉姓实际上是土著，为远古巴人“冉家”夷之后。
如今，重庆是我国冉姓人口最多的省市，占全国冉姓总人口的39%，而酉阳又是重庆冉姓最集中分布的县。据统计，冉姓占酉阳总人口的1/5强，如今渝、川、黔各地的冉姓，绝大多数都是由酉阳辗转迁徙去的。

历史上重庆土官首领势力较大的还有田姓、向姓等，如今田、向二姓在重庆百家姓的排名也比在全国榜要高。